Группа ученых из Центра алгоритмической биотехнологии Санкт-Петербургского госуниверситета под руководством Павла Певзнера вместе с ассистент-профессором Университета Карнеги-Меллон Хосейном Мохимани представила новый метод быстрого поиска новых антибиотиков. Как передает “Фармацевтический вестник”, речь идет об алгоритме VarQuest. Он быстро сравнивает сразу две базы данных – химические структуры известных биологически активных природных соединений и физические замеры (масс-спектры) производимых микроорганизмами веществ.
Комментирует доцент СПбГУ, кандидат физико-математических наук Антон Коробейников: “В каждой базе данных десятки тысяч соединений, и наш алгоритм оперативно находит похожие пары. Обнаружив новое соединение, похожее на известное биологически активное вещество, его можно подвергнуть более детальной проверке. Есть предположение, что обнаруженное новое соединение будет эффективнее с фармакологической точки зрения, чем его более изученные аналоги, представленные в базе данных”.
Алгоритм актуален как никогда, ведь с каждым днем остается все меньше работающих антибиотиков из-за развивающейся у патогенов лекарственной устойчивости. Сообщается, что в крупнейшей базе замеров природных соединений насчитывается более миллиарда масс-спектров. Эта база доступна на платформе GNPS. Теперь здесь же пользователи смогут оценить и алгоритм VarQuest.
Источник: